Das Gebäude, wie wir es heute kennen, ist eine Mischung aus verschiedenen Baustilen – wir finden romanische, gotische, Renaissance-, Barock- und historisierende Elemente. Chroniken und Forschungen zufolge wurde die ursprüngliche Kirche im 10. Jahrhundert erbaut. Das Beinhaus von Mělník in der Krypta der Kirche gehört zusammen mit dem Beinhaus in Sedlec bei Kutná Hora zu den größten in Böhmen. Es birgt die Überreste von 10 000 – 15 000 Menschen und wurde in den 30er Jahren des 16. Jahrhunderts angelegt. Es wurde in seiner jetzigen Form von Professor Jindřich Matiegka angeordnet. Die Vergänglichkeit des Lebens kontrastiert hier mit Figuren aus Knochen und Schädeln – Kreuze, Anker und Herzen, also Symbole des Glaubens, der Hoffnung und der Liebe.