Servác Engel z Engelsflussu nechal v letech 1692–1693 vystavět kostelík sv. Máří Magdaleny podle návrhů Kryštofa Dienzenhofera. V následujících letech vznikl i klášter, poustevna a další hospodářské a správní budovy. K trvalému osazení kláštera mnichy – františkány – však došlo až roku 1760. V té době byla vybudována také křížová cesta se 14 kapličkami. Poslední mnich františkán ze Skalky odešel roku 1925. V 50. letech 20. století došlo k velké devastaci celého areálu vlivem poddolování a následného nezájmu. V 90. letech byla zahájena rekonstrukce, dnes místo konání různých akcí, výstav a poutí.