Město leží na frekventované železniční trati č. 231 Praha - Nymburk – Kolín.  Přes Poděbrady projíždějí osobní vlaky Pražské integrované dopravy, linka S2 Praha-Masarykovo nádraží – Čelákovice – Lysá nad Labem – Stratov i další vlaky na Hradec Králové, Trutnov, Rumburk či Ústí nad Labem. Trať byla vojensky významná i za 2. Sv. války, kdy tady projížděly vlaky z nedalekých Milovic.

Budova železniční stanice Poděbrady je druhou významnou architektonickou památkou tohoto lázeňského města. Nejen hlavní budova, ale i přilehlý soubor nádražních budov je od roku  od roku 2010 na seznamu architektonických památek. 

Nádraží je v provozu  již od roku 1870, ale výpravní budova nádraží byla dostavěna až v roce 1931.  Autorem projektu poděbradského nádraží tak jak ho známe dnes byl  významný architekt, teoretik architektury a pedagog Vojtěch Krch (1892 - 1966), který mimo jiné navrhl budovu ředitelství Československých státních drah v Olomouci. Architektura poděbradského nádraží vykazuje jasné prvky meziválečného funkcionalismu - eleganci jasné geometrie a standartní prvky zakomponované v přesných variacích. V dobách existence Československa bylo nádraží všeobecně považováno za nejkrásnější nádražní budovu u nás.